Поиск
Озвучить текст Озвучить книгу
Изменить режим чтения
Изменить размер шрифта
Оглавление
Для озвучивания и цитирования книги перейдите в режим постраничного просмотра.

Глава 7. BLAST

7.1. Характеристика BLAST

BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) позволяет быстро сравнить последовательности запроса с БД последовательностей. Является фундаментальным для понимания родства любой запрашиваемой последовательности и других известных белков или DNA-последовательностей (http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi).

Основные инструменты размещены на главной странице сервиса (рис. 7.1):

► nucleotide BLAST (blastn) - запрос - нуклеотидная последовательность, поиск ведется по базе нуклеотидных последовательностей;

► protein BLAST (blastp) - запрос - белковая последовательность, поиск ведется по базе белковых последовательностей.

Рис. 7.1

На рис. 7.2 представлены специальные возможности BLAST.

Рис. 7.2

Таблица 7.1. Инструменты BLAST

Страница поиска

Запрос и комбинация БД

Тип

выравнивания

Программы и функции

nucleotide blast

Нуклеотидная последовательность - нуклеотидные последовательности

Нуклеотидная последовательность - нуклеотидные последовательности

megablast: для идентификации последовательностей, внутривидового сравнения; blastn: для поиска с короткими последовательностями запроса, межвидового сравнения

protein blast

Белковая последовательность - белковые последовательности

Белок - белок

blastp: идентификация последовательности и поиск подобий;

DELTA-BLAST: более высокочувствительный, чем blastp-поиск подобных белков; PSI-BLAST: итеративный поиск для позиция-специфичных матриц

или идентификации отдаленных родственников для семейства белков;

PHI-BLAST: выравнивание белков с вводом паттерна как ограничителя

Окончание табл. 7.1

Страница поиска

Запрос и комбинация БД

Тип

выравнивания

Программы и функции

blastx

Нуклеотидная последовательность (транслированная) - белковые

последовательности

Белок - белок

blastx: для идентификации потенциальных белковых продуктов, кодируемых нуклеотидным запросом

tblastn

Белковая последовательность - нуклеотидная последовательность (транслированная)

Белок - белок

tblastn: для определения последовательностей БД, кодирующих белки, похожие на запрос

tblastx

Нуклеотидная

последовательность

(транслированная) -

нуклеотидные

последовательности

(транслированные)

Белок - белок

tblastx: для определения нуклеотидных последовательностей, аналогичных запросу, на основе их потенциала кодирования

Домашняя страница BLAST состоит из нескольких секций, каждая предлагает определенный набор функций (рис. 7.3).

1. Общий заголовок (цифра 1) обеспечивает легкий доступ к другим контентам или функциям, напрямую не обозначенным на главной странице.

2. Список Recent Results (цифра 2) - набор ссылок на предыдущие результаты поиска.

3. Страницы с web-формами для подтверждения поиска перечислены как ссылки в центре главной страницы BLAST. Эти ссылки организованы в три категории: Web BLAST (3, основной BLAST), BLAST Genomes (4, поиск для геномов) и Specialized searches (5, специализированные поиски).

4. Окно поиска (6) в секции BLAST Genomes предполагает наименование организма в качестве запроса и выдает перечень кандидатов. Выбор из этого списка и нажатие кнопки Search предоставляют лучшие геномные последовательности выравнивания BLAST.

Страница Recent Results

Страница результатов BLAST (рис. 7.4) доступна в течение 36 ч. Таблица Recent Results демонстрирует перечень недавно представленных результатов поиска, которые не истекли. Этот перечень является сессия-специфичным и будет потерян, если cookie сеанса очищает-

Для продолжения работы требуется Registration
На предыдущую страницу

Предыдущая страница

Следующая страница

На следующую страницу
Глава 7. BLAST
На предыдущую главу Предыдущая глава
оглавление
Следующая глава На следующую главу