В большинстве случаев ХГСО - следствие перенесённого острого воспаления среднего уха. Характерен полиморфизм микрофлоры, нередко в сочетании с патогенной грибковой инфекцией. Преобладает кокковая микрофлора, часто резистентная ко многим антибиотикам. Реже отмечают грибковую микрофлору, в основном аспергиллёз.