Е.Л. Водовозова, И.В. Холоденко, Р.В. Холоденко, Н.Б. Поляков, В.А. Олейников, И.М. Молотковская1
ВВЕДЕНИЕ
Метод фотоаффинного мечения (photoaffinity labeling, PAL) широко применяют в структурно-функциональных исследованиях биологических систем, поскольку именно он позволяет получить прямые доказательства пространственной близости молекулярных компонентов (обзоры [1 - 3, 5, 9]). В изучаемую систему вводят зонд - аналог природного вещества, несущий фотофорную группу (фотофор, фотоаффинную2 метку), - и подвергают облучению. В результате фотолиза метки образуется высокореакционноспособный интермедиат, который может ковалентно связываться (сшиваться) с ближайшим фрагментом биомолекулы. Для детектирования продуктов фотохимической реакции (модифицированной макромолекулы и в конечном счете участка ее модификации) зонд должен содержать репортерную группу (радиоактивную, хромофорную, флуоресцентную или иммунореактивную). При этом можно определить, например, конкретные аминокислотные остатки белка, входящие в контакт с тем или иным лигандом. Для получения подобной информации в структурной биологии чаще всего используют методы рентгеновской кристаллографии и ядерно-магнитного резонанса высокого разрешения. В настоящее время эти мощные методы анализа поддержаны технологиями получения рекомбинантных ДНК, которые позволяют получать миллиграммовые количества исследуемых полипептидов или полинуклеотидов. Однако существует множество случаев, когда такой структурный анализ невозможен или чрезвычайно затруднен. Это относится к исследованиям комплексов транскрипционных факторов, рибосом, белков в составе везикулярных систем, локальных структурных образований цитоскелета и интегральных сигнальных комплексов. В таких ситуациях PAL