История государственной санитарно-эпидемиологической службы началась с Декрета Совета народных комиссаров РСФСР от 15 сентября 1922 г. «О санитарных органах Республики». В Декрете была изложена система мер, направленных на предупреждение инфекционных заболеваний и улучшение санитарного состояния страны. Именно с этого в стране началось создание сети специализированных санитарно-профилактических учреждений - санитарно-эпидемиологических станций.
Постановление Совета народных комиссаров РСФСР от 8 октября 1927 г., утвердившее «Положение о санитарных органах Республики», положило начало стремительному росту числа санитарно-эпидемиологических станций, к 1941 г. их было более 1900. К основным задачам санэпидстанций относились санитарная охрана населенных мест, воздуха, почвы, жилищ, мест общего пользования, продуктов питания, организация борьбы с заразными болезнями, охрана здоровья детей и подростков, участие в санитарной охране труда, развитии физической культуры и др.
В 1933 г. произошло разделение функций санитарно-эпидемиологической службы - при сохранении санитарно-эпидемиологических станций была организована Государственная санитарная инспекция, осуществлявшая общее руководство санитарно-эпидемиологической работой, а также предупредительный санитарный надзор.
В 1933 г., с образованием Всесоюзной государственной санитарной инспекции, произошло разделение функций санитарно-эпидемиологической службы. Государственная санитарная инспекция осуществляла общее руководство санитарно-эпидемиологической работой, а также проводила предупредительный санитарный надзор. На санитарно-эпидемиологические станции была возложена функция осуществления всего комплекса санитарно-эпидемиологических мероприятий на обслуживаемой территории.