Справка
x
Поиск
Закладки
Озвучить книгу
Изменить режим чтения
Изменить размер шрифта
Оглавление
Для озвучивания и цитирования книги перейдите в режим постраничного просмотра.
Молекулярное моделирование: теория и практика
2. Малые молекулы
Для продолжения работы требуется
Registration
Предыдущая страница
Следующая страница
Table of contents
Предисловие к русскому изданию
Предисловие редакторов перевода
Предисловие к третьему изданию
1. Введение
+
2. Малые молекулы
-
2.1. Генерация трехмерных координат
2.1.1. Рентгеноструктурные данные
2.1.2. Библиотеки фрагментов
2.1.3. Преобразование двумерных структур в трехмерные
2.2. Вычислительные методы оптимизации геометрии
2.2.1. Силовые поля
2.2.2. Оптимизация геометрии
2.2.3. Методы минимизации энергии
2.2.3.1. Метод скорейшего спуска
2.2.3.2. Метод сопряженных градиентов
2.2.3.3. Метод Ньютона-Рафсона
2.2.4. Влияние зарядов и растворителя
2.2.4.1. Растворитель как статистический континуум
2.2.5. Квантово-механические методы
2.2.5.1. Неэмпирические (ab initio) методы
2.2.5.2. Полуэмпирические методы молекулярных орбиталей
2.2.5.3. Комбинированные методы квантовой и молекулярной механики
2.3. Конформационный анализ
2.3.1. Конформационный анализ методом систематического поиска
2.3.2. Конформационный анализ методом Монте-Карло
2.3.3. Конформационный анализ методами молекулярной динамики
2.3.4. Какой метод выбрать?
2.4. Потенциалы молекулярных взаимодействий
2.4.1. Молекулярный электростатический потенциал
2.4.1.1. Методы расчета частичных атомных зарядов
2.4.1.2. Методы расчета МЭП
2.4.2. Поля молекулярного взаимодействия
2.4.2.1. Вычисление полей с помощью программы GRID
2.4.2.2. Гидрофобные взаимодействия
2.4.3. Отображение свойств на молекулярную поверхность
2.5. Фармакофорный поиск
2.5.1. Совмещение молекул
2.5.2. Совмещение "атом-на-атом"
2.5.3. Совмещение молекулярных полей
2.6. Методы 3D-QSAR
2.6.1. Метод CoMFA
2.6.1.1. Биологические данные, используемые в 3D-QSAR
2.6.1.2. Построение модели CoMFA
2.6.1.3. Статистическое качество моделей CoMFA
2.6.1.4. Интерпретация результатов
2.6.2. Другие методы, подобные CoMFA
2.6.2.1. CoMSIA
2.6.2.2. GRID и GOLPE
2.6.2.3. Методы, не зависящие от выравнивания
2.6.3. Другие методы 3D-QSAR
2.6.4. 3D-QSAR, основанный на рецепторе
2.6.5. Надежность моделей 3D-QSAR
3. Пример моделирования малых молекул: антагонисты дофаминового рецептора подтипа D3
+
4. Моделирование белков. Введение
+
5. Виртуальный скрининг и докинг
+
6. Области применения и ограничения молекулярного докинга
+
7. Рациональная разработка лекарственных веществ методами хемогеномики
+
8. Пример моделирования белков: ядерный рецептор CAR и его лиганд-рецепторные комплексы
+
Данный блок поддерживает скрол*